Das geht meines Wissens bei modified leider nicht.
Ich kenne das auch von anderen Systemen, wie drupal oder anderen, dass man nicht nur Produkte in verschiedene Kategorien "verlinken" kann sondern ebenso Kategorien in verschiedene Unterkategorien.
Ich vermute, dass dies nur eine kleine Änderung schon bewirken könnte, kann Dir aber mangels Wissens nicht helfen.
Bei etlichen Shops würde diese Möglichkeit Kategorien in verschiedenen Überkategorien anzeigen zu lassen natürlich Sinn machen.
***Edit, ich lese gerade dass die parent id in der categories Tabelle steht, dann ist es wahrscheinlich doch nicht so einfach umzusetzen... ***Editend
Eine eher provisorische Möglichkeit wäre im Kategorietext, der oben in der <kat steht einen Link reinzusetzen der in die gewünschte Unterkategorie führt, die bereits in einer anderen Kategorie liegt. Ist aber nur eine Notlösung.