Meine erste Vermutung war, dass der Kunde nach der Bestellung automatisch in eine andere Kundengruppe verschoben wird und dadurch die Daten der Session nicht mehr zur nun neuen Kundengruppe passen. Wenn nun diese Kundengruppe keine Berechtigung für eine Zahlart hat, dann wären zwar die Artikeldaten vorhanden, aber eine Berechnung würde u. U. nicht durchgeführt, wäre im Ergebnis also 0.
Zweiter Gedanke Formular mehrmals abgesendet. Aber auch das konnte ich nicht reproduzieren.
Im Zahlungsmodul konnte ich auf den ersten Blick auch nix sehen, was da falsch gehen sollte.
Was auf Kundenseite ist, lässt sich nicht prüfen. Evtl steht da ein Proxy der fehlerhaft arbeitet, oder der Internetanschluss erfolgt über mehrere Leitungen mit unterschiedlichen IP, oder der Browser ist genau im richtigen Moment abgestürzt,....
Das letzte was mir noch einfallen würde ist Abgleich/Übertragung zur WAWI, falls vorhanden.