Dein Einwand ist vollkommen richtig.
Da in der Vergangenheit jedoch zahlreiche Kunden sich immer wieder neu angelegt haben (statt sich das Passwort zusenden zu lassen), stimmen die Faktura-Statistiken auf den Kunden bezogen sowieso nicht, d.h. bereits vor der 'neuen Lösung' war ein und derselbe Kunde bereits mehrfach in der Faktura unter verschiedenen Debitorennummern vorhanden.
Die CAO-Faktura bietet hierzu jedoch die Möglichkeit, identische Kunden, die mehrere Kundennummern haben, zu einem Statistik-Kunden (anhand derselben Anschrift) zusammenzufassen.
Insofern ist die Doppeltanlage vertretbar, da sie bereits vorher (also bei nur einem Shop) schon ein Faktura-'Problem' war, welches Faktura-intern durch die Kundenzusammenfassung in den Griff zu bekommen war.