Die grundsätzliche Frage wäre auch, ob du die Dateien des pdf Moduls, die durch das Shopupdate überschrieben wurden, auch wieder angepasst hast bzw vor dem hochladen des Updates in den Dateien die Änderungen vorgenommen hast? Falls es sich um ein Shopupdate gehandelt hat???
Wenn es eine Neuinstallation ist, dann kannst du nicht alle Dateien aus dem Ordner changed files einfach so auf dem Server ersetzen, sondern musst die Stellen in die neuen Dateien einpflegen, denn dem pdf Modul liegen ja keine aktuellen 2.0.5.0 Dateien zugrunde.
Vielleicht sagst du mal wie du es gemacht hast, dann kommt man vielleicht eher auf den Fehler, wenn es sich mit dem Tipp von noRiddle nicht erledigt hat.
Gruß Timm