Wer hat die Kontrolle über den Server? Du oder ein Hoster?
Es kommen 2 timeouts in frage, den, den Du erwähnst und (Wahrscheinlicher) die php_max_execution_time
Je nachdem wer den Server kontrolliert kann man das in php.ini, httpd.conf, htaccess, in der PHP Datei selbst, oder auch gar nicht anpassen ....
Google mal nach:
max_execution_time